Vào thời Nguyễn, nhận thức về vị thế của biển và mối lo ngại về việc có thể bị tấn công từ phía biển nên các vua Nguyễn ngoài việc bố phòng cẩn mật tại bờ biển thì việc thực thi chủ quyền trên biển cũng thường xuyên được tiến hành bằng nhiều hoạt động cụ thể, đáng chú ý là công tác tuần tra và kiểm soát.
Huấn luyện theo hướng thủy quân biển
Với việc tổ chức, trang bị và huấn luyện quân thủy theo hướng thủy quân biển, nhà Nguyễn có điều kiện để thực hiện tuần tra, gìn giữ vùng biển dài rộng.
Cái lợi của tuần tra mặt biển được vua Minh Mạng chỉ rõ: “Đi tuần phòng ven bể, một là để thao luyện cách lái thuyền cho quen thiện dòng nước, một là để tập đánh dưới nước, biết rõ đường bể, khiến cho bọn giặc bể nghe tin không dám gây sự. Thế có phải là một việc mà được 3 điều lợi không”.
Việc tuần tra, kiểm soát vùng biển nói chung được giao cho đội quân chính quy, song ở các địa phương thường được giao quyền chủ động.
Các tỉnh lấy dân địa phương rồi lập thành các đội tuần tra. Bản dụ thời Minh Mạng quy định “các tỉnh có hải phận, đều đóng 2-3 chiếc thuyền nhanh nhẹ, và sai nhân dân các đảo sửa chữa thuyền đánh cá, liệu cấp khí giới để đi tuần thám”. Rõ ràng quân địa phương đóng vai trò quan trọng, là “tai mắt” của triều đình trong việc nắm bắt thông tin, tuần thám trên biển.
Dưới thời Nguyễn, cướp biển người Hoa hoạt động nhiều, là mối lo ngại thường xuyên trên biển với thuyền buôn và cũng là thách thức đối với chính quyền. Thuyền cướp biển thường “dị dạng”, lẫn lộn với thuyền buôn và thuyền đánh cá.
Để phân biệt thuyền cướp biển với thuyền buôn, thuyền của nhà nước (thuyền tuần tiễu, thuyền công sai), Minh Mạng năm thứ 9 (1828) quy định việc thấy “thuyền giặc” thì treo cờ bắn súng để phân biệt, “nếu không có cờ, tức là thuyền của giặc, phải nhanh chóng đuổi, đánh, không được lầm lỡ”.
